برای درمان زگیل تناسلی و از بین بردن ویروس آن به صورت قطعی و کامل، روش خاص و قطعی وجود ندارد و در بیشتر موارد فرد باید صبر کند تا زگیل پس از مدتی خود به خود از بین برود. این موضوع زمانی که زگیل تناسلی هیچ گونه درد و ناراحتی برای افراد ایجاد نمی کنند بسیار آسان تر می باشد.
اما زمانی که زگیل ها با علائمی مانند درد، خارش، سوزش در ناحیه ی تناسلی و مقعد مردان و زنان همراه هستند می توان از روش های مختلف دارویی و جراحی برای از بین بردن زگیل ها استفاده نمود.
امروزه بهترین روش درمانی، برداشتن زگیل توسط لیزر بویژه لیزر مونالیزا می باشد. سایر روش ها مانند کرایو و الکتروکوتر هم از روش های درمانی رایج و کارامد به شمار می آیند.